A Copa do Nordeste-2016 tem 20 participantes dos seguintes Estados: Pernambuco, Bahia (com três times cada), Ceará, Rio Grande do Norte, Alagoas, Paraíba, Maranhão, Sergipe e Piauí (com dois cada).
Na primeira fase, os 20 clubes foram divididos em cinco grupos com quatro times cada. Eles se enfrentam dentro de suas respectivas chaves, em turno e returno, em seis rodadas. Os primeiros colocados de cada grupo e os três melhores segundos avançam para a etapa seguinte.
Os duelos da segunda fase serão definidos por sorteio. Dentre os cinco classificados como líderes de suas chaves, os quatro melhores formam o Bloco I. O pior líder se junta aos segundos colocados no Bloco II. Cada time do Bloco I enfrenta um rival do Bloco II em duas partidas e faz o segundo jogo em casa. Os vencedores passam para as semifinais, também em dois jogos. Os ganhadores decidem o título, em partidas de ida e volta.
Nos mata-matas, os critérios de desempate são saldo de gols e gols marcados como visitante. Se persistir a igualdade, haverá cobrança de pênaltis.
Os critérios de desempate na primeira fase são os seguintes:
a) Maior número de vitórias;
b) Maior saldo de gols;
c) Maior número de gols pró;
d) Confronto direto (somente entre dois clubes e considerando os gols como visitante);
e) Menor número de cartões vermelhos;
f) Menor número de cartões amarelos;
g) Sorteio.