Com a divulgação pela Confederação Brasileira de Futebol, CBF, da Diretriz Técnica 04-12, retomando a Série D do Campeonato Braileiro à fórmula anterior, com 40 clubes disputando, a Federação Bahiana de Futebol resolveu através da RDI 13/12 conferir ao ECPP Vitória da Conquista uma das vagas da Bahia para a competição.
Inicialmente, os clubes que disputaram a Copa Governador do Estado 2012 abriram mão da vaga naquela competição para que a vaga da Série D fosse disputada no baianão, mas com a manutenção da fórmula, a FBF também manteve a vaga do alviverde.
De acordo com o site do Vitória da Conquista, a CBF informou que voltou atrás devido ao fato do anúncio da decisão ter acontecido quando diversas competições estaduais estavam em andamento com a disputa das vagas para a Série D. Ainda segundo este documento, em 2014 a competição passará a ser disputada por 32 clubes.